“这样的时间，若能一直持续下去就好了——。” 结束了与第8张职阶卡片的英灵之间战斗的伊莉雅等人，为了尽情享受所剩不多的暑假，她们再次进入度假模式。 但这样的日常，过于轻易地被打破。 在奔向发生异变的圆藏山的伊莉雅等人面前出现的脱离现实的人影，在突然的交战之后，空间震动。之后，在震动结束后，伊莉雅醒来 所见到的是，隆冬的冬木市——平行世界。 那里是，美游所出生、成长的世界。 将重要的事物，全部守护。魔法少女的，实现普通而壮大愿望的战斗现在开幕！
就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片，激战过后，伊莉雅和同伴们来到了平行世界的冬木市。这里是美游诞生并成长的世界！为了守护重要的朋友和重要的事物，魔法少女们又将展开怎样的行动呢？