高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”“平成年代的福尔摩斯”。一次在与青梅竹马的女友小兰（毛利兰）去游乐场游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。工藤新一跟踪他们来到了地下交易现场，一黑衣人趁其不备从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为“APTX-4869”的由组织开发的神秘毒药，工藤新一的身体因药物作用回到发育期的孩童状态。考虑到如果黑衣人知道他还活着的话，必将让身边的亲朋好友受到牵连，于是工藤新一化名为“江户川柯南”寄住在毛利兰家，想借助其父亲毛利小五郎来找寻黑衣男子。不料毛利小五郎不但对其没有任何帮助，还是个冒失的迷糊侦探。于是，柯南识破真相后就用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用同为博士发明的领结型变声器模仿毛利小五郎的声音来进行推理，解决了很多案件。同时，柯南也一直寻找着黑衣人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回工藤新一原来的样子。
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